A Szegedi Biológiai Kutatóintézet munkatársai Dr. Ari Eszter tudományos munkatárs vezetésével létrehoztak egy átfogó adatbázist a transzkripciós faktorok és a célgének közötti kölcsönhatásokról.
A TFLink gateway egyedülálló módon átfogó és rendkívül pontos információt nyújt többek között a transzkripciós faktorok kötőhelyeinek nukleotid szekvenciáiról és genomiális helyéről az ember és hat modellorganizmus esetében: egér (Mus musculus), patkány (Rattus norvegicus), zebrahal (Danio rerio), gyümölcslégy (Drosophila melanogaster), fonálféreg (Caenorhabditis elegans) és élesztő (Saccharomyces cerevisiae). A TFLink egyértelműen azonosított adatokat tartalmaz, és információt nyújt a forrásokról: adatbázisok, kísérleti módszerek és publikációk.
Az összesített adatbázisban böngészhet és kereshet az adathalmazon belül, majd megnyithatja a kiválasztott transzkripciós faktor vagy célgén belépési oldalát. Minden egyes bejegyzési oldal alapvető információkat tartalmaz a fehérjéről vagy génről, a célgénekről és/vagy a transzkripciós faktorokról. Továbbá az oldalak tartalmazzák még a kötőhelyek szekvenciáit, keresztlinkeket a TFLinkben található fehérjékhez vagy génekhez, illetve külső adatbázisokhoz és weboldalakhoz. Egy adott fehérje vagy gén kölcsönhatási táblázatait és kötőhelyszekvenciáit letöltheti a bejegyzés oldaláról, vagy akár letöltheti a teljes TFLink adatbázis tartalmát is a Letöltés oldalon.
A TFLink létrehozásához tíz forrást választottunk ki az integrációhoz: DoRothEA, GTRD, HTRIdb, JASPAR, ORegAnno, REDfly, ReMap, TRED, TRRUST és Yeastract. Ezen adatbázisforrások kihasználásával pontos, kisléptékű kísérleti adatokat és nagyléptékű kísérletek eredményeit integráltuk.
Kép: (C) A célgénekre vonatkozó információkat tartalmazó táblázat. (D) A kötőhelyek genomiális elhelyezkedését tartalmazó táblázat.
Az adatbázist leíró Database D1-es rangú folyóiratban megjelent cikk itt olvasható.
