ELIXIR összefogás a Sars-Cov-2 kutatásban

Az ELIXIR vezetősége a koronavírus okozta megbetegedésekre (COVID-19) irányuló kutatások támogatása érdekében összehangolja az ELIXIR-en belül elérhető bioinformatikai forrásokat, melyhez kérik a Node-ok hozzájárulását is.

Eszközök a szabályozó genomikához c. kurzus online

2020. április 7.-8. között megrendezésre kerül az:

„Eszközök a szabályozó genomikához: ISMARA, CRUNCH, EPD és ChIP- seq eszközök használatával következtetni lehet a szabályozási kölcsönhatásokra a transzkriptomika és epigenomikai adatok alapján”

című kurzus, amely online stream-en lesz megtekinthető.

A kurzus két fő eleme:

Az ELIXIR vezető kutatójának csoportja határozta meg a koronavírus genomját

A Dr. Gyenesei Attila, az ELIXIR technológiai koordinátora által vezetett Bioinformatikai Kutatócsoportnak (PTE SzKK) sikerült Magyarországon először meghatároznia a koronavírus genomját. A csoportból  Urbán Péter és Tóth Gábor Endre a szekvenálási (NGS), míg Dr. Herczeg Róbert az adatfeldolgozási, kiértékelési folyamatokban vett részt.

Galaxy Admin Training - beszámoló

A Galaxy Admin Training március 2-6. között került megrendezésre Barcelonában, melyen a TTK részéről Fekete János PhD hallgató vett részt. A kurzuson jelen lévők a Galaxy szerverek installálásával, adminisztrálásával kapcsolatos elméleti és gyakorlati képzésben részesültek.

Galaxy HTS Data analysis képzés - beszámoló

A Freiburgban 2020. február 17-21. között megrendezésre került ''Galaxy HTS data analysis '' című képzésen részt vett Győrffy Balázs kutatócsoportjából Dr. Menyhart Otília tudományos munkatárs, melynek keretén belül a Chipseq, RNAseq, HiC során keletkező adatok feldolgozásával, metilációs mintázatok kiértékelésének módszereivel illetve adatvizualizációs eszközök használatával ismerkedtek meg a résztvevők. 

ELIXIR-CONVERGE Kick Off Meeting - beszámoló

2020. február 25-én Brüsszelben került sor az ELIXIR-CONVERGE pályázatot elindító gyűlésre, melyen Prof. Dr. Győrffy Balázs képviselte a magyar résztvevőket. A találkozón szó esett a munkacsomagok részfeladataihoz tartozó teendőkről, mérföldkövekről és beszámolási határidőkről, valamint a június 11. (Amszterdam, Hollandia) pályázati találkozóig megvalósítandó és elérendő célokról.

 

Fókuszban az oktatás és szerverfejlesztés

A januárban tartott vezetőségi gyűlés (2020. 01.24. Pécs, SzKK)  központi témája a hazai bioinformatika oktatás egységesítése, valamint a GALAXY, EGA, Beacon szerverek fejlesztése, infrastrukturális kalakítása volt. 

Oldalak