Az ELIXIR európai kutatási infrastruktúra Magyarországi részlegének két kutatója, Dr. Csabai István, az ELTE Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék egyetemi tanára és Dr. Solymosi Norbert az Állatorvostudományi Egyetem docense adatbányászati módszerekkel olyan mintákat kerestek, amelyek a SARS-CoV-2 genomikai nyomait tartalmazzák. A két tudós a koronavírus egy egyedülálló változatának nyomaira bukkant egy Antarktiszról származó 2019 decembere előtt gyűjtött talajminta DNS vizsgálata során.
A mintára egy nyilvános genetikai szekvencia-adatbázisban találtak rá, amelyet alapos bioinformatikai elemzésnek vetettek alá. "Érdekes dolog, hogy bármikor, amikor mintát veszünk, az nem csak azt tartalmazhatja, amit gyűjteni szándékozunk, hanem sok más dolgot is" - magyarázza a nemrég közreadott tanulmány előzményeit Csabai István fizikus. A mostani tanulmány is hasonló. "Kihasználva a szekvenciaolvasási archívumok hihetetlenül gazdag forrását, olyan mintákat kerestünk, amelyeket 2019 decembere előtt gyűjtöttek, és amelyek a SARS-CoV-2 genomikai nyomait tartalmazzák. Technikailag ez elég nagy kihívás az említett hatalmas adatmennyiség miatt, de a leleményes informatikus kutatóknak, az ügyes matematikai trükköket alkalmazó algoritmusoknak, valamint a számítógépek egyre növekvő sebességének köszönhetően ez megoldható. Ez egyfajta Google-keresés a genetikai szekvenciákhoz.
Azt reméltük, hogy SARS-CoV-2 nyomokat találhatunk néhány olyan mintában, amelyet más okokból gyűjtöttek, és ez közelebb vihet a Covid eredetéhez. Izgalmas volt látni, hogy az egyik legjobb találat az Antarktiszról származó talajminták voltak. Elméletileg nem elképzelhetetlen, hogy a fókák (a mintákat olyan helyekről gyűjtötték, ahol fókák és pingvinek gyülekeznek) - a húsevők más fajaihoz hasonlóan, mint pl. macskák vagy a vadászgörények - hordozhatnak Covidot. Aztán talán néhány fertőzött halon keresztül jutottak el Wuhan hírhedt tengeri halpiacára. Ezek azok a furcsa és a legtöbb esetben hamis hipotézisek, amelyeket a kutatók gyakran felvetnek, amikor olyan adatokat látnak, amelyeket nem könnyű megmagyarázni.
Ahogy mélyebbre ástunk, nyilvánvalóvá vált, hogy a SARS-CoV-2 genetikai nyomoknak semmi közük az Antarktiszhoz, inkább más mintákból származó szennyeződésről van szó. További vizsgálatokkal a feltételezett gazdafajokat is azonosítani tudtak: ember, zöld majom és kínai hörcsög" - mondta Csabai professzor. Valószínűleg ez a genetikai anyag nem élő állatokból származik, inkább a virológiai kísérletekben gyakran használt sejtkultúrákból.
A rejtély hiányzó darabja a szekvenálás pontos dátuma. "Annyit bizonyos, hogy a feltárt SARS-CoV-2 genom leginkább a legkorábbi ismert törzsre hasonlít, de nem azonos vele, valamint hogy a DNS-t 2019 decemberében vonták ki és küldték el szekvenálásra" - teszi hozzá a professzor. Attól függően, hogy mikor gyűjtötték a szennyező mintákat, a szóban forgó tanulmány lehet egy önmagában is érdekes történet a nagy adatelemzésben rejlő hihetetlen lehetőségekről, vagy közelebb vihet a még mindig tartó világjárvány eredetének megértéséhez.
Olyan genetikai "big data" archívumok és eszközök tesznek lehetővé ilyen kutatásokat, amiknek előre mozdításán az ELIXIR szervezete is fáradozik. Egyre nagyobb mennyiségben érhetők el különböző kutatók által összegyűjtött hatalmas tudományos adathalmazok. Az ELIXIR szervezetén belül erre a célra született a GALAXY platform, ami egy elemzési funkciókkal rendelkező nemzetközi adattároló és adatfeldolgozó rendszer. A platform lehetővé tesz különböző kutató csoportok számára más kutatók adataival és eredményeivel való további kutatásokat.
A kutatások kapcsolódnak az ELTE-n folyó és az ELIXIR által kordinált BY-COVID Horizon 2021 projekthez, melynek célja, hogy egy platformra hozza a Covid kutatások során gyűjtött adatokat és azokat felhasználja a pandémiával szembeni védekezésben. Valószínű, hogy még sok érdekes dolog fog kiderülni a további kutatásokból is.
(via Research Square, ttk.elte.hu, Daily Mail )