Az ELIXIR 3D-BioInfo Közösség fontos szerepet játszik a biológiai makromolekulák (pl. fehérjék, RNS, DNS) 3D szerkezeti adatainak megjelenítésében, elemzésében, és archiválására szolgáló módszerek és eszközök fejlesztésében. A Közösséget számos európai székhelyű szerkezeti bioinformatikai csoport alkotja - tudtuk meg Dr. Hegedűs Tamástól, aki az ELIXIR 3D-BioInfo vezetőbizottságának tagja és a Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézetében dolgozik.
A szerkezetmeghatározásra szolgáló kísérletes és elméleti módszerek ugrásszerű fejlődése a szerkezeti adatok minőségének javulásához és mennyiségének nagymértékű növekedéséhez vezetett. Ezen adatok validálásában, számos kapcsolódó adatbázis és szoftver fejlesztésében, illetve fenntartásában is részt vállal a 3D-BioInfo Közösség. Eredményeiket publikációk mellett webinárokon és az évenként megrendezett konferenciájukon mutatják be a tágabb tudományos közösségnek. A Magyar Bioinformatikai Társaság kutatószeminárum sorozatának keretében összefoglaltam legutóbbi konferenciájuk előadásait, amely öt fő érdeklődési terület köré szerveződött:
1. A szerkezeti és funkcionális annotációk infrastruktúrájának FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) kifejlesztése.
2. Nyílt erőforrások létrehozása a proteom háromdimenziós modellezésére szolgáló szoftvereszközök megosztására, integrálására és összehasonlítására.
3. A fehérje-ligandum kölcsönhatások modellezésének fejlesztése.
4. Nukleinsavak szerkezetének leírására, elemzésére, annotálására és jóslására szolgáló szoftverek megalkotása.
5. Egy „Biostudies” adatbázis létrehozása, amely fehérjemérnöki eredményeket tartalmaz.
Szinte minden fehérje témájú szekcióban és előadáson említésre került az AlphaFold2 mélytanulásos módszer, amelynek kidolgozásával közelebb kerültünk a szerkezeti biológia több évtizedes problémájának megoldásához: képes egy adott fehérje háromdimenziós szerkezetének nagy megbízhatóságú jóslására az aminosav szekvencia felhasználásával.